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Episode 29 - 2x07 : The Counteragent / Dangeureuse alliance
Sydney se bat pour trouver un traitement pour Vaughn, dont la vie est en danger dû à sa rencontre avec la solution contenue dans la boule rouge de la "circonférence" à Taipei. Mais au lieu de trouver l'antidote, Sydney doit faire un deal avec Sark qui pourrait mettre en danger la vie de Sloane. Pendant ce temps, Will continue ses recherches pour Vaughn et découvre quelques incohérences inquiétantes impliquant des tests de Q.I. normalisés il y a 20 ans.

Episode 30 - 2x08 : Passage (part 1) / Double jeu 1
Sydney, Jack et Irina doivent mettre de côté leurs differences lors d'une mission, où ils seront une famille heureuse afin de saisir six ogives nucléaires d'une nation peu amicale. En attendant, Sloane annonce à un personnel soupçonneux que M. Sark travaillera avec le SD-6. Vaughn peut être forcé de licencier Will de son affectation pour les recherches de la C.I.A. Sloane est contacté par un groupe inconnu clamant qu'Emily est toujours en vie...


Episode 31 - 2x09 : Passage (part 2) / Double jeu 2
Tout en continuant sur une mission pour prendre le controle de six ogives nucléaires, Sydney et Jack découvrent les limimtes des fidélités d'Irina quand elle rencontre Gerard Cuvee (Derek de Lint). En attendant, Sloane informe l'alliance qu'Emily est peut être encore vivante...


Episode 32 - 2x10 : The Abduction / Désigné coupable
Jack rencontre le chef de la contre-intelligence Ariana Kane (Faye Dunaway), qui est envoyée au SD-6 pour étudier les événements entourant la disparition d'Emily et pour découvrir qui essaye de faire du chantage à Sloane. Pendant ce temps, Marshall extrêmement nerveux est envoyé sur sa première mission avec Sydney en tant qu'associé. Vaughn programme un test de psychologie à Will à la C.I.A. Francie devient suspecte sur le comportement secret de Sydney et de Will.


Episode 33 - 2x11 : A Higher Echelon / Sables mouvants
La vie de Marshall est en grave danger suite à sa mission avec Sydney. Ariana Kane suspecte Jack de faire chanter Dixon au sujet d'Emily. Sydney et Dixon vont en mission au ministère de la culture et de l'information d'Ho Chi Mihn. Francie s'inquiète auprès de Will car elle trouve que Sydney prend trop son travail à coeur. D'autant plus que Sydney lui a parlé des sentiments qu'elle a pour un banquier nommé "michael" qui travaille avec elle...Vaughn donne à Will les résultats de ses tests de Psychologie. Il donne à Will un travail en tant qu'analyste pour la CIA et apprends la vérité de l'implication de jack dans le meurtre de l'agent de la CIA Haladki.


Episode 34 - 2x12 : The Getaway / Maître chanteur
Tandis qu'Ariana Kane de la contre-intellignece de l'alliance chasse Sydney pour attraper son père qui a disparu. Jack demande de l'aide à Irina pour trouver la personne qui fait chanter Sloane. Pendant ce temps Sydney et Vaughn risquent de mettre au jour leur couverture au SD-6 alors qu'ils partagent un dinner romantique lors d'une mission en France. L'agent Weiss est de retour dans cet épisode.

Episode 35 - 2x13 : Phase One / Phase un
Sydney et Jack sont confrontés à un nouveau directeur au SD-6 nommé Anthony Geiger (interprété par Rutger Hauer, "Blade Runner," "Nighthawks" ) qui remplace Sloane porté disparu. Son comportement est très arrogant et ces intentions inconnues. Pendant ce temps une romance débute entre Francie et Will.

Episode 36 - 2x14 : Double agent / Trompe l'oeil
L'acteur Ethan Hawke sera la guest star de cet épisode dans lequel il jouera le rôle de James Lennox, un agent de la CIA dont la couverture a ete démasquée et son partenaire tué. Sydney Bristow est envoyée pour le sauver, mais ce qu'elle ne sait pas c'est que Lennox est peut être un traitre voire même le tueur de sa partenaire....Syd et Vaughn iront en mission en république Dominicaine au sujet du projet Helix. Weiss aura un flirt avec l'agent Phillips de la CIA..


Episode 37 - 2x15 : A Free Agent / Electron libre
Sydney va voir sa mère pour lui annoncer qu'elle va avoir son diplôme et qu'elle pense quitter la CIA. Kendall ne l'entend pas de la même façon. Sloane retient un prisonnier nommé Neil Caplan. Ce dernier est un mathématicien capable d'aider Sloane à reconstituer des artefacts de Rambaldi. Sloane le fait chanter en tenant prisonnier sa femme et son fils. A la CIA, on essaye de suivre les derniers vols de Sloane pour essayer de le retrouver.


Episode 38 - 2x16 : Firebomb / Jugement dernier
Dixon trahi refuse de donner la clef pour sauver Syd piégée par Sloane. Ce dernier arrive finalement à compélter le dispositif de Rambaldi en vue d'une utilisation horrifiante. Pendant ce temps, Vaughn découvre un nouvel ennemi proche de la maison et même plus près de Syd qu'il ne l'aurait imaginé. Will est appelé pour participer à un briefing crucial à la C.I.A.


Episode 39 - 2x17 : A dark turn / Talon d'achille
Sydney commence à se poser des questions sur les allégeances de Vaughn lorsqu'elle apprend que la CIA enquète sur lui et que la présence mystérieuse d'un agent du KGB. Pendant ce temps Jack est obligé de faire participer Irina et un manuscrit de Rambaldi pour traquer Sloane.


Episode 40 - 2x18 : Truth takes time / Liens sacrés
Sydney et Vaughn partent sur les traces de Sloane, Irina et Sark sous la direction de Jack. Emily refait surface et doit décider si elle doit rester sur le même bord que son mari où si elle doit le trahir...

Episode 41 - 2x19 : Endgame / Roulette russe
Sydney défit son père en essayant de secourir Neil Caplan (Christian Slater) kidnappé, pendant ce temps Sloane cherche à se venger et devient de plus en plus dangereux. Dixon est maintenant à la CIA et Francie continue de manipuler Will pour connaître ses connections avec la CIA.


Episode 42 - 2x20 : Countdown / 48 heures
Sydney et Dixon se rendent à Panama City pour tomber sur les lieux d'un crime concernant le vol du coeur de la victime. Sydney remarque que le symbole de Rambaldi est tatoué entre le pouce et l'index de l'homme! A la CIA Marshall et Carrie Bowman, recherchent des infos sur la prophétie de Rambaldi qui annonce un désastre dans les 36 heures. Dixon perd son sang froid lors d'un intérogatoire.

Episode 43 - 2x21 : Second double / Faux amis
Sydney commence à se poser des question sur Will lorsque celui-ci est arrêté pour espionnage, suspecté d'être le fameux double. Pendant ce temps Sark et Irina sont à la recherche d'un moyen de cracker le serveur de la NSA. EvilFrancie brouille les cartes afin que Will soit de plus en plus suspecté. Sloane fait à Jack une proposition d'affaires.


Episode 44 - 2x22 : The Telling / Risque maximum
Que prépare Sloane en assemblant les 47 artefacts de Rambaldi? La prophétie va-t-elle se réaliser? Que va devenir le coeur découvert dans l'épisode 42? Will va-t-il découvrir qui est le "double"? Sydney parviendra-t-elle à sauver son ami? Quelles sont les vraies motivations d'Irina? Quelles nouvelles questions sans réponses apporte ce final?

Episode 45 - 3x01 : The Two / Les deux
2 ans se sont écoulés depuis que l'agent Sydney Bristow est restée inconsciente à la fin du final saison2. Beaucoup de choses ont changées: Jack n'est plus à la CIA, Vaughn est marié, Irina refait surface, Will n'est pas mort et fait partie d'un programme de protection de témoin, Sloane n'est plus si méchant que ça.... Comment vont réagir l'entourage de Sydney qui l'a croyait morte!


Episode 46 - 3x02 : Succession / Succession
Sydney, à la recherche de la vérité concernant les 2 années manquantes, est confrontée à Sark, qui est derrière les barreaux dans une cellule de la CIA. Mais quand une nouvelle organisation terroriste, le Covenant, demande Sark en échange de 2 scientifiques kidnappés, Sydney doit arranger malgré elle un échange de prisonniers. Elle découvrira alors un lien à ses 2 ans perdus. Pendant ce temps Vaughn se bat pour prendre la décision de revenir à la CIA sachant qu'il devra travailler avec Sydney. Jack confronte Sloane pour savoir s'il est responsable de la disparition de sa fille, découvrant alors un secret surprenant. Sydney fera la connaissance de la femme de Vaughn.


Episode 47 - 3x03 : The reunion / Arme secrète
Pour la première fois depuis 2 ans, Sydney et Vaughn reforment une équipe pour enpêcher Sark de prendre possession d'un dangereux satellite de communication. Pendant ce temps, Jack doit trouver un moyen pour stopper Marshall de découvrir l'identité du meurtrier de Lazarey qui n'est autre que Sydney. Cette dernière suspicieuse accompagne Vaughn et Lauren alors qu'ils rencontrent Sloane pour lui demander une faveur.


Episode 48 - 3x04 : A missing link / Chaînon manquant
Alors qu'elle essaye d'infiltrer un groupe penché sur la recherche d'armes biologiques mortelles, Sydney découvre un lien à ses deux années absentes sous la forme de Simon Walker (Justin Theroux), chef dangereux et sexy d'un groupe. Pendant ce temps, Vaughn lutte avec ses propres sentiments de jalousie et de désirs alors que Sydney est sur sa mission, concient des pressions que son travail exerce sur son mariage avec Lauren. Jack prends les choses en mains pour protéger sa fille -- à bon escient il révèle à Dixon le secret mortel de Sydney afin de préserver sa position à l'intérieur de la C.I.A.


Episode 49 - 3x05 : Repercussions / Black jack
Tandis que la vie de Vaughn est mise en danger, Lauren s'envenime avec Sydney après s'être rendu compte du rôle qu'elle a joué dans le fait qu'il ait été poignardé. Pendant ce temps, Sydney se pose davantage de question sur les allegeances de Sloane après qu'il ait été enlevé par Kazari Bomani (Djimon Hounsou), un haut membre du Covenant. La couverture de Jack est compromise quand il rencontre Simon (Justin Theroux) pour mettre essayer de trouver des informations sur les 2 ans disparus de la vie de Sydney. Marshall est envoyé sur sa deuxième mission avec Sydney, posant en tant que joueur.


Episode 50 - 3x06 : The Nemesis / Noir et blanc
Les émotions de Sydney sont toutes retournées quand elle se retrouve face à Allison (la fausse Francie) qui était présumée morte mais est maintenant une figure clé du Covenant. Pendant ce temps les recherches de Lauren sur le meurtrier de Lazarey l'amène presque à découvrir le lien avec Sydney. Cette dernière est assigné à contre-coeur comme la responsable de Sloane à la CIA. La CIA est à la recherche d'un chercheur Russe qui a mis au point un système pour avoir la possibilité de piloter des armements Russes.