Sydney fait d'horribles cauchemards à propos de sa cicatrice. Marshall invente une télécommande pour voiture miniature afin que Sydney l'emploie dans sa mission. Jack prends des mesures drastiques pour s'assurer que la NSC ne trouve jamais la vérité à propos du meurtre commis par Sydney sur le diplomate Russe Lazarey. Mais ces actions placent de lourdes contraintes sur le mariage de Vaughn, surtout que Lauren s'approche de plus en plus près de la vérité à propos de Sydney. Pendant ce temps, Sydney est d'accord pour partir en mission avec Sloane afin de contrecarrer les plans afin d'obtenir le système d'opération d'une arme mortelle. Elle découvre alors en Sloane un allié précieux pour sa chasse vers ces 2 années manquantes. L'épisode nous emmène en voyage du ministère chinois de la défense où l'on retrouvera Sloane dansant avec Sydney
Episode 52 - 3x08 : Breaking point / Volte face
Quand Sydney se retrouve emprisonnée par la NSC, Jack et Vaughn n'ont qu'un choix, celui de s'allier avec Sloane pour la sauver. Mais ils n'ont que quelques heures devant eux avant qu'elle soit forcée de subir une chirurgie radicale pour récupérer ses mémoires. Ils doivent alors préparer une équipe d'extraction, dirigée par Brill un agent indépendant (Richard Roundtree qui était l'acteur de "shaft"). En attendant, Lauren fait face à un choix impossible : croire au NSC qui d'après elle fait le bon choix avec Sydney ou suivre l'avis de son mari.
Episode 53 - 3x09 : Conscious / Salle 47
Après avoir fait une découverte choquante dans le désert, Sydney est d'accord pour subir une procédure expérimentale dirigée par un docteur excentrique Dr. Brezzel (David Cronenberg, réalisateur de “Crash,” “Naked Lunch,” “La mouche”, "eXistenZ"), qui devrait l'aider à retrouver sa mémoire. La mémoire de Sydney se révèle très résistante et le procédé commence à devenir dangereux pouvant même la tuer. Pendant ce temps Lauren fait un grand sacrifice pour créer un alibi qui tienne la route face à Lindsey, après que Sydney se soit échappée de sa détention à la NSC. Sloane se retrouve mains liées par un ennemi improbable, qui voudrait eliminer Sydney de façon définitive. Nous ferons aussi la connaissance du fils et de la fille de Dixon.
Episode 54 - 3x10 : Remnants / Jeux de piste
L'identité mystérieuse de “St. Aidan” force Sydney à faire sortir Will (Bradley Cooper) du système de protection de témoin. Mais leur poursuite envoit les deux vieux amis vers une collision contre Allison "la fausse Francie" (Merrin Dungey) la femme qui a ruiné leurs deux vies. Pendant ce temps Lindsey arrête Jack et Vaughn comme conspirateurs lors de l'échapatoire de Sydney de la prison du NSC. Sloane, toujours sous la pression de Lindsey, met en route un plan pour éliminer Sydney et Dr. Brezzel (David Cronenberg) a une expérience désagréable avec Sark.
Episode 55 - 3x11 : Full Disclosure / Passé recomposé
Sydney apprends enfin la vérité sur ces deux années manquantes...
Episode 56 - 3x12 : Crossings / Ennemi intérieur
Jack contacte une femme mystérieuse (Katya - Isabella Rossellini) liée à Irina, afin qu'elle l'aide à libérer Sydney et Vaughn, qui vont être éxecutés par une armée en Corée du nord. Mais Jack est face à un dilème lorsque cette femme lui annonce qu'elle ne poursuivra son plan que si ... Sloane est assassiné!




