Sydney doit guider Rachel dans sa première mission solitaire alors que celle-ci est plutôt nerveuse et pensive. Sloane doit décider s'il doit trahir la confiance du APO ou honorer son accord avec Gordon Dean.
Episode 95 - 5x07 : Fait accompli
Sydney et le APO essayent de découvrir pour qui travaille Gordon Dean et quel est son but. Pendant ce temps un groupe prétendant avoir un antidote pour Nadia continue de jouer avec les nerfs de Sloane. Guest star : Mia Maestro (Nadia) et Amy Acker (Peyton).
Episode 96 - 5x08 : Bob
Après que Rachel ait eu une aventure qui par inadvertance à compromis la mission, elle et Sydney sont forcées de faire équipe avec Julian Sark (David Anders) afin d'éviter qu'une bombe à micro impulsion mortelle ne tombe entre les mains de dangereux mercenaires. Pendant ce temps Jack et un de ces anciens amours , un agent du MI6, se battent pour sauver leurs vies après avoir été capturés.
Episode 97 - 5x09 : The horizon (14/12/05)
Sydney fait équipe avec Vaughn après avoir été kidnappée et placée dans un état hypnotique afin de retrouver des informations enfouies dans son esprit. Son kidnappeur (personnage bien connu) semble avoir un intérêt pour le futur de Sydney et de son bébé . Guest star : Michael Vartan (Vaughn), Amy Acker (peyton) et patrick Bauchau (Desantis).
Episode 98 - 5x10 : S.O.S
Jack invite l'ancien agent Weiss et l'équipe d'APO à rechercher Sydney après réception d'un appel de détresse. Mais Jack croit qu'une plus grande conspiration est en jeu, contrecarrant leurs tentatives pour la sauver. Des actions soupçonneuses de Tom suggère qu'il ait caché son jeu.
Episode 99 - 5x11 : Maternal Instinct
A la surprise de tous, Irina Derevko s'associe avec Jack et Sydney pour récupérer "Horizon", mais ses allégeances demeurent toujours en question. Sloane est forcé de prendre la fuite quand Devlin suspecte qu'une taupe travaille à l'intérieur de l'APO
Episode 100 - 5x12 : There's Only One Sydney Bristow (26/04/2006)
Le congé maternité de Sydney est racourci au moment où elle apprend que Will (Bradley Cooper) a été kidnappé par son ennemie Anna Espinosa (Gina Torres). Pendant ce temps, Sloane est tout proche de trouver un antidote pour sauver Nadia



